Skip to end of metadata
Go to start of metadata

BEAST(2) & CSC

Icon

Ohjelmaa voi ajaa myös CSC:n taito-koneessa, ks. ohjeet. Interaktiivinen ajo onnistunee taito-shell -koneessa.

 

BEAST2 on parannettu versio BEAST -ohjelmasta. Paljon muistia vaativat ajot pitää tehdä lehmuksessa (512 GB muistia) tai kuusi1:ssä ("vain" 128 GB muistia).

  • Komenna lehmuksessa "setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64:$LD_LIBRARY_PATH" jotta treeannotator toimisi (kuusi1:ssä tätä ei tarvita).
  • Ohjelman bin-hakemiston käynnistysskripteihin voi - omassa kotihakemistossa - muuttaa viimeisen rivin oletusarvoisia muistimääriä (-Xms ja -Xmx eli aloitusmuistimäärä ja maksimäärä).
  • Ohjelman voi käynnistää - ilman "asennusta" - komennolla "/scratch/beast2/hostname/bin/beast", missä hostname on joko lehmus tai kuusi1. Tässä ei voi muuttaa em. muistimäärityksiä; jos se on tarpeen, em. beast2-kansion voi kopioida omaan kotihakemistoon. Jos hakee binäärit verkosta, bin-hakemiston käynnistysskriptejä joutuu modifioimaan myös jos haluaa käyttää BEAGLEa (ks .alla).

BEAGLE-kirjasto nopeuttaa laskentaa; se on käännetty /scratch-hakemistoon (kääntämisestä täällä):

  • Ennen BEAST2:n käynnistystä komenna "setenv LD_LIBRARY_PATH /scratch/beagle-lib/hostname:$LD_LIBRARY_PATH", missä hostname on joko lehmus tai kuusi1.
  • Ohjelman bin-hakemiston käynnistysskripteihin pitää määritellä myös -Djava.library.path="$BEAST_LIB:/scratch/beagle-lib/hostname"; tämä on tehty em. scratch-hakemiston versioille! Määritys on samalla rivillä kuin em. muistimäärien määritykset.
  • Komento "beast -beagle_info" kertoo minkälainen BEAGLE on käytettävissä. Jos ei näy, komenna "beast -options" ja ruksaa Beagle päälle.

HUOM: Jos käyttää esim. vain lehmusta, setenv-komentoja voi laittaa .cshrc-tiedostoon muodossa

  • setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/lib64
  • setenv LD_LIBRARY_PATH /scratch/beagle-lib/lehmus:${LD_LIBRARY_PATH}

tai vain yhdellä rivillä "setenv LD_LIBRARY_PATH /scratch/beagle-lib/lehmus:/usr/lib64". Ilman lopun :${...} määritystä oletetaan että ko. ympäristömuuttuja on vielä tyhjä. Samaisessa tiedostossa voi myös määritellä

  • alias beast /scratch/beast2/lehmus/bin/beast

ym. jotta ei tarvitse kirjoittaa pitkiä rimpsuja käsin.

HUOM: /scratch-hakemistoa voi myös käyttää väliaikaisena datatilana, jos isot tiedostot eivät mahdu lehmuksen/kuusi1:n kotihakemistoon. Silloin sinne pitää tehdä oman tunnuksen mukainen alihakemisto.

  • No labels