Skip to end of metadata
Go to start of metadata

QIIME / QIIME 2 on Quantitative Insights Into Microbial Ecology. Ekologian ja genetiikan tutkimusyksiköstä Anna Maria Pirttilä (ja Tejesvi Mysore Vishakante Gowda) käyttävät ohjelmaa opetuksessakin.

Lehmus / kuusi1&2

Oulun yliopistolla QIIME-ohjelmaa voi ajaa henkilökunnan (linux) laskentakoneissa lehmus, kuusi1 ja kuusi2 antamalla komentoja tyyliin

QIIME 2 -ohjelmaa voi ajaa seuraavasti kuusi1:ssä:

QIIME 2 komennot toimivat myös lehmuksessa ja kuusi2:ssa, mutta firefox ja siten qzv-tiedostojen katselu komennolla "qiime tools view <tiedosto.qzv>" toimii vain kuusi1:ssä. QIIME 2 Studio -käyttöliittymä ei ole näissä vielä käytössä.

Haapa / linux luokka YL124

Opiskelijoiden virtuaalisessa haapa-koneessa em. PATH-muuttujaan pitää määritellä polku /wrk/qiime/bin. Sen 8 GB muistia jää äkkiä liian pieneksi, eikä ole varmaa saadaanko määrää lisättyä tarpeeksi luokkakäyttöä ajatellen. Jos opiskelijoilla on liian vähän tilaa kotihakemistossa, QIIME-projekteja voi ajaa /wrk (tai /wrk2 tai /wrk3 kansioissa). Source activate'ssa toimivat sekä qiime1 että qiime2-2017.10.

QIIME1 on asennettu Linux-luokan YL124 koneisiin, ja toimii näin:

Näissä koneissa on muistia 16 GB, joten QIIMEn käyttö onnistuu hyvin. Myös täällä voi tarpeen tullen hyödyntää /wrk ja /wrk3 kansioita. Mutta on myös kätevää, että kotihakemisto on automaattisesti opiskelijan verkossa oleva kotihakemisto, jota käyttämällä datat eivät häviä.

Omat työasemat / Windows luokka TH107

Ohjelmaa voi ajaa virtuaalilinuxilla omissa työasemissa ja (vielä vähän aikaa) biologian windows-luokassa TH107. Luokkaan tullaan vaihtamaan loppukesästä 2017 vdi-päätteet, joissa virtuaalikonetta ei voi ajaa, ja virtuaalikoneet otetaan käyttöön jossain muussa luokassa.

Tietohallinnon IT-tuki voi kopioida valmiin, meille hieman viilatun version työasemille 'laatikosta' (th-lahituki\LUTK-IT\Biologia\QIIME). Viilauksella tarkoitetaan mm. skandeja ja jaetun tiedostokansion määrittelyä. Jälkimmäisen takia kansion tulee olla C:\QIIME. Virtuaalikoneessa on tunnus qiime jonka kotihakemisto on /home/qiime, ja jaettu kansio on Windowsin puolella C:\QIIME\Shared_Folder ja Ubuntun puolella /home/qiime/Desktop/Shared_Folder. Tunnuksella on sudo-oikeudet, jotka toimivat salasanalla qiime. Ei kuitenkaan ole järkevää modifioida virtuaalikonetta näillä oikeuksilla kovin paljoa.

Virtuaalikoneessa QIIME on viritetty niin että ei tarvitse kuin ruveta antamaan komentoja. QIIME-ajoja varten kannattaa kuitenkin luoda kotihakemistoon projektikohtaisia alikansioita, ja käyttää Shared_Folder kansiota tiedostojen siirtoon alussa ja lopussa. Jos on esim. tehnyt työtä kansiossa /home/qiime/myproject, työn jälkeen voi kotihakemistossa pakata kansion komennolla "zip -r myproject.zip myproject" ja siirtää tulostiedoston Windowsin ulottuville komennolla "mv myproject.zip Desktop/Shared_Folder/." Toki yksittäisiä tiedostoja voi siirrellä ilman pakkaustakin.

QIIME-komennot voi myös kirjoittaa tiedostoon

qiimejob.sh

jonka sijoittaa projektikansioon, ja käynnistää komennolla "./qiimejob.sh". Jos laskut ovat pitkiä, tämä voi olla välttämätöntäkin. Silloin kannattaa miettiä myös CSC:n systeemien käyttöä! HUOM: Shell-skriptitiedostoille pitää määrittää ajo-oikeuksia komennolla "chmod a+x qiimejob.sh".

CSC taito

Tällainen jonotyö (ks. ohjeita) toimi taidossa komennolla "sbatch qiimejob.sh":

qiimejob.sh

Esimerkki suorittaa QIIMEn 454 Overview Tutorialin komennot sarjallisena. Se olettaa että tutorialin datakansio on kopioitu taitoon, jossa siihen lisätään qiimejob.sh ja ajetaan sbatch-komento.

CSC taito-shell

Interaktiivisesit QIIMEä voi ajaa taito-shell -koneessa, jossa ei kuitenkaan voi ajaa kovin raskaita ajoja. Em. module load -komennot ovat tarpeen ennen QIIME-komentojen antamista.

FigTree ja Cytoscape

FigTree ja Cytoscape on Lehmus/kuusi1 -koneissa /scratch-kansiossa, ja opiskelijoiden koneissa /wrk-kansiossa.

 

 

 

 

  • No labels